穿过大门后的第一个庭院，也是以前朝拜者唯一可到的地方，再里面的院子只有祭司和享有特权的人才能进入，因此大部分的人最多只能看见下一道门墙，以及隐蔽在后方的柱廊大厅。 拥有一排排高达十米巨柱的柱廊大厅，如今屋顶已坍塌，但仅存巨柱的大厅仍然很暗，带有一种奇异的氛围，特别是卡纳克神庙的柱廊大厅，几乎全都密集排列着巨大的彩画石柱，让剩下的空间变成了在柱子之间交错的迷宫小巷，非常神秘。
第六道门墙之后便是神殿，这里也是整座建筑最幽秘的地方，完全由坚硬的深色花岗岩建造，墙上有阿蒙和法老王画像，没有朝外的窗子。古时法老王相信可以在此与阿蒙沟通，因此除了他和祭司外，任何人都不能入内。由于历代法老王不断加盖神殿，因此神庙规模日渐扩大，更有好几个不同年代的多重神殿，建筑结构非常复杂。
中轴线之外，还有侧翼院落和附属神庙，例如在卡纳克神庙的主神殿两侧，便有女神庙和战神庙烘托，神庙南面则有一个“圣湖”，是祭司和其他人员的住所。在卡纳克神庙鼎盛之时，此地共住有8万名神职人员，不难想象这座神庙的浩大和惊人。

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